Der Bahnhof Neugraben erfüllt heute die Aufgaben eines Umsteige-Knotenpunktes: Hier enden die StadtExpress-Züge aus Stade und die EVB-Züge aus Richtung Bremervörde. Außerdem beginnt hier die S-Bahnlinie S3.
Die Bahnhofsanlagen haben heute den spröden Charme der 1980er Jahre, ein richtiges Bahnhofsgebäude sucht man vergebens. Doch auch Neugraben besaß ein Einheits-Empfangsgebäude, der Bahnhof wurde schon beim Bau der Strecke 1881 eingerichtet. Es fiel erst 12. Mai 1982 dem Abrissbagger zum Opfer.
Auf der nördlichen Gleisseite befindet sich das Stellwerk “Nf” (Typ Sp Dr S60), das im Zuge der Bahnhofsneugestaltung beziehungsweise des S-Bahn-Baus in den 1980er Jahren errichtet wurde. Es ist ein Gemeinschaftsstellwerk, welches zugleich den Betrieb auf der S-Bahnstrecke regelt. Von Neugraben aus wird auch der unbesetzte Bahnhof Buxtehude ferngesteuert, das Stellwerk “Bf” ist vom Typ MC L84.